Ključna razlika između helikaze i topoizomeraze je u tome što je helikaza enzim koji razdvaja dvije komplementarne niti DNA razbijanjem vodikovih veza između baza dviju lanaca, dok je topoizomeraza enzim koji uklanja pozitivne i negativne superkule nastale tijekom procesa odmotavanja DNA rezanjem i ponovno brtvljenje jednog ili oba lanca dupleksa DNA.
DNA je dvostruka zavojnica. Postoji u dvije komplementarne niti povezane zajedno vodikovim vezama. Replikacija, transkripcija i popravak DNA zahtijevaju međusobno odvajanje dviju niti za izradu novih kopija, stvaranje mRNA i dodavanje nukleotida za popravak. U ovom trenutku na scenu stupaju dva enzima helikaza i topoizomeraza. Stoga su i helikaza i topoizomeraze bitne u odmotavanju DNA. Helicase razdvaja dvolančanu DNA u jednostruke nit raskidajući vodikove veze između parova baza nukleotida u dvolančanoj DNA. Suprotno tome, topoizomeraza razotkriva uvijanje DNA i ublažava prirodu DNA super-zavojnice presijecanjem okosnice DNA fosfata u jednom ili oba lanca.
