Ključna razlika između apomorfije i pleziomorfije je u tome što se apomorfija odnosi na karakteristiku koja je jedinstvena za kladu i nalazi se u svih potomaka te klade, dok se pleziomorfija odnosi na karakteristiku koja je prisutna u kladi, ali možda neće biti prisutna u svi članovi klade.
U filogenetici je kladistika područje koje razvrstava organizme u klade ili skupine na temelju karakteristika koje nasljeđuju preci. To je vrlo pouzdan oblik proučavanja koji pomaže u analizi evolucijskih i filogenetskih odnosa. Različite terminologije mogu se koristiti za opisivanje karakteristika svake klade kao što su apomorfija, pleziomorfija, autapomorfija, sinapomorfija i homoplazija itd. Među njima su apomorfija i pleziomorfija relativni pojmovi. U ovim studijama računalni softver zaista je koristan za proučavanje karakteristika i značajki Apomorphije i Plesiomorphije.
