Ključna razlika između fermentacije u čvrstom stanju i uronjene fermentacije je ta što fermentacija u čvrstom stanju uključuje uzgoj mikroorganizama na čvrstoj podlozi s malim udjelom vlage, dok uronjena fermentacija uključuje uzgoj mikroorganizama u tekućem mediju koji ima više od 95% vode.
Mikroorganizmi su korisni u raznim vrstama industrija. Bakterije i gljive posebno imaju široku primjenu u industriji. Mikroorganizme treba masovno uzgajati tijekom industrijskog procesa fermentacije kako bi se izdvojili potrebni proizvodi koji proizlaze iz mikrobnog metabolizma. Fermentacija u čvrstom stanju i uronjena fermentacija dvije su glavne vrste fermentacije koje pomažu u industrijskoj proizvodnji enzima. U fermentaciji u čvrstom stanju, fermentacija se odvija od strane mikroorganizama uzgajanih na čvrstoj podlozi, dok se u uronjenoj fermentaciji, do fermentacije javljaju mikroorganizmi uzgajani u tekućem mediju. Svaka metoda ima i prednosti i nedostatke.
