Ključna razlika između protomera i kapsomera je u tome što su protomeri strukturne jedinice oligomernih proteina, dok su kapsomeri pojedinačni proteini sastavljeni od protomera, koji su strukturne podjedinice virusnog kapsida.
Virus je unutarćelijski obvezni parazit, koji je zarazna čestica. Kapsida je jedna od dvije glavne komponente čestica virusa. To je proteinski omotač koji okružuje i štiti virusni genom. Kapsida se sastoji od protomera, koji su strukturne jedinice oligomernih proteina. Kapsomera je strukturna podjedinica virusnog kapsida i agregacija je nekoliko protomera kao jedinice. Dakle, protomeri se sami okupljaju kako bi stvorili kapsomer, a kapsomi se okupljaju u kapsidu.
