Ključna razlika između ciklusa jajnika i menstrualnog ciklusa je u tome što je ciklus jajnika ciklus koji se događa u jajnicima, dok je menstrualni ciklus ciklus koji se događa u maternici povezanom sa stijenkom maternice.
Ciklus jajnika i menstrualni ciklus dva su ciklusa koja se javljaju u žena. Ova dva ciklusa pripremaju ženu da zatrudni i rodi potomstvo i postane majka. Oba se ciklusa javljaju u ženskom reproduktivnom sustavu. Dakle, to su hormonski ciklusi koji reagiraju. Ženke prolaze ova dva ciklusa od puberteta do menopauze. Niz događaja odvija se tijekom ova dva ciklusa, a uglavnom ih pokreću hormoni. Kad nastupi trudnoća, oba će ciklusa prestati, a to čini hormon koji se naziva humani korionski gonadotropin (hCG).