Ključna razlika - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green i Taqman dvije su metode koje se koriste za otkrivanje ili praćenje procesa pojačanja PCR-a u stvarnom vremenu. SYBR Green je metoda koja se temelji na interkalirajućoj boji za bojenje nukleinske kiseline, dok je Taqman metoda koja se temelji na sondi za hidrolizu. Obje su tehnologije dizajnirane za generiranje fluorescencije tijekom PCR-a, što PCR uređaju u stvarnom vremenu omogućuje praćenje reakcije u "stvarnom vremenu". Metoda SYBR Green provodi se pomoću fluorescentne boje koja se naziva SYBR zelena i otkriva pojačanje vezanjem boje na proizvedenu dvolančanu DNA. Taqman se provodi pomoću dvostruko obilježenih sondi i otkriva pojačanje razgradnjom sonde pomoću Taq polimeraze i oslobađanjem fluorofora. To je ključna razlika između SYBR Green i Taqman.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je SYBR Green
3. Što je Taqman
4. Usporedna usporedba - SYBR Green vs Taqman
5. Sažetak
Što je SYBR Green?
SYBR Green je fluorescentna boja koja se koristi za bojenje nukleinskih kiselina, posebno dvolančane DNA u molekularnoj biologiji. SYBR Green metoda koristi se za kvantificiranje PCR proizvoda tijekom PCR-a u stvarnom vremenu. Jednom kada se veže s DNK, rezultirajući kompleks DNA-boja apsorbira plavo svjetlo i emitira intenzivno zeleno svjetlo. To se događa zbog strukturne promjene koja se događa u molekuli boje nakon vezivanja s dvolančanom DNA. Kada PCR stvara sve više i više DNA, više molekula boje se veže s DNA, generirajući više fluorescencije. Stoga se fluorescencija povećava s nakupljanjem PCR proizvoda. Stoga se količina PCR proizvoda može kvantitativno izmjeriti SYBR Green fluorescentnom detekcijom.
Zelena boja SYBR također se može koristiti za obilježavanje DNA u citometriji i fluorescentnoj mikroskopiji. Etidij bromid uspješno je zamijenjen SYBR Green, jer je etidij bromid kancerogena boja s problemima odlaganja tijekom vizualizacije DNA u elektroforezi u gelu.
Postoje prednosti i nedostaci SYBR zelene metode. Ova metoda je vrlo osjetljiva, jeftina i jednostavna za upotrebu. Međutim, zbog svoje sposobnosti vezanja na bilo koju dvolančanu DNA, nespecifično vezanje može dovesti do pretjerane kvantifikacije PCR produkta.
Slika 01: SYBR zelena tehnika
Što je Taqman?
Taqman je alternativna metoda SYBR Greenu za praćenje PCR procesa u stvarnom vremenu. Ova metoda ovisi o 5 '- 3' eksonukleaznoj aktivnosti enzima Taq polimeraze da razgradi sonde tijekom produženja novog lanca i oslobađanja fluorofora. U ovoj se metodi koriste dvostruko obilježene sonde koje se temelje na hidrolizi sondi. Sonde su fluorescentno obilježeni DNA oligonukleotidi koji imaju molekulu fluorescentnog izvjestitelja (fluorofor) na kraju 5 'i molekulu gasitelja na kraju 3'. Oni su dizajnirani da se vežu za jednolančani obrazac na suprotnoj strani žarenja temeljnih premaza. Taq polimeraza dodaje nukleotide u početni sloj i proširuje novi lanac prema dvostruko obilježenim sondama. Jednom kada Taq polimeraza susretne sondu, eksonukleazno djelovanje Taq polimeraze aktivira i razgrađuje sondu. Kada završi sintezu novog lanca, sonda se podvrgava potpunoj razgradnji i oslobađa fluorofor. Oslobađanje fluorofora stvara fluorescenciju. Molekula fluorescentnog gašenja učinkovito gasi emitiranu svjetlost i stvara izlaz za kvantificiranje PCR proizvoda. Oslobađanje fluorofora i količina PCR proizvoda proporcionalni su. Stoga se kvantifikacija može lako izvršiti Taqmanovom metodom.kvantifikacija se može lako izvršiti Taqmanovom metodom.kvantifikacija se lako može izvršiti Taqmanovom metodom.
Slika 02: Taqmanova metoda
Taqmanova metoda koristi se u PCR-u u stvarnom vremenu, kvantificiranju ekspresije gena, otkrivanju genetskih polimorfizama, kvantifikaciji delecija kromosomske DNA, bakterijskoj identifikaciji, verifikaciji analize mikromreža, genotipizaciji SNP-a itd.
Koja je razlika između SYBR zelenog i Taqmana?
Diff Article Sredina prije tablice
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green temelji se na boji koja veže DNA. | Taqman ovisi o hibridizacijskim sondama i 5 'do 3' eksonukleaznoj aktivnosti Taq polimeraze. |
| Sonde s fluorescentno oznakom | |
| Nisu potrebne sonde s fluorescentno označenom sondom. | Potrebne su sonde s dvije oznake. |
| Multiplex analiza gena | |
| Ne može se koristiti za multipleks genske ciljeve. | Može se koristiti za multipleks genske ciljeve. |
| Trošak | |
| Ovo je jeftinije. | Ovo je skuplje. |
| Specifičnost | |
| To je manje specifično i veže se s bilo kojom dvolančanom DNA | Oni su vrlo specifični jer sonde otkrivaju određene proizvode pojačanja. |
| Učinkovitost | |
| Ovo je manje učinkovito. | Ovo je vrlo učinkovito. |
| Primjena | |
| To se koristi u PCR-u u stvarnom vremenu, vizualizaciji agaroznog gela, obilježavanju DNA itd. | To se koristi u PCR-u u stvarnom vremenu, kvantifikaciji ekspresije gena, otkrivanju genetskih polimorfizama itd. |
Sažetak - SYBR Green i Taqman
Taqman i SYBR green dvije su metode koje se koriste u PCR-u u stvarnom vremenu (kvantitativni PCR). Obje metode omogućuju učinkovito kvantificiranje PCR proizvoda i oslanjaju se na emisiju fluorescencije. Taqmanova metoda koristi dvostruko obilježene sonde za otkrivanje nakupljene DNA, dok SYBR Green metoda koristi fluorescentnu boju. Obje ove metode također imaju različite primjene u molekularnoj biologiji.
