Ključna razlika između endosimbioze i invaginacije je u tome što je endosimbioza teorija koja objašnjava podrijetlo mitohondrija i kloroplasta unutar eukariotske stanice, dok je invaginacija proces koji objašnjava podrijetlo jezgre i ostalih organela stanice formiranjem invaginacije iz plazme. membrana do unutrašnjosti stanice.
Znanstvenici vjeruju da su eukariotske stanice evoluirale iz prokariontskih stanica. Razvili su mnoge teorije kako bi objasnili kako se dogodila ova evolucija. Endosimbioza je jedna od takvih teorija koja objašnjava podrijetlo mitohondrija i kloroplasta unutar eukariotskih stanica iz prokariontskih bakterija. Dok je invaginacija postupak koji objašnjava podrijetlo jezgre i ostalih organela vezanih za membranu unutar eukariotske stanice.
