Ključna razlika između endosimbioze i simbioze je ta što je endosimbioza teorija koja opisuje kako su mitohondriji i kloroplasti ušli u eukariotske stanice, dok je simbioza dugotrajna interakcija između dviju različitih živih vrsta.
Organizmi u ekosustavu međusobno komuniciraju na različite načine. Simbioza je interakcija koja postoji između dvije različite vrste koje žive zajedno. Neke interakcije imaju koristi za obje strane, dok neke interakcije ostaju neutralne. Međutim, neke druge interakcije štete jednoj strani, posebno organizmu domaćina, dok druga strana prima koristi na štetu domaćina. Sve ove vrste interakcija možemo vidjeti u ekosustavu. Međutim, ove su vrste interakcija vitalne za stabilnost ekosustava. Endosimbioza je, s druge strane, teorija koja objašnjava podrijetlo eukariotske stanice iz prokariotske stanice.
