Ključna razlika između heterokromatina i euhromatina je u tome što je heterokromatin visokopakirani oblik kromatina koji je općenito neaktivan, dok je euhromatin labavo zapakirani oblik kromatina koji je općenito aktivan.
Kromatin je struktura koja drži DNA lanac kromosoma. Heterokromatin i euhromatin dvije su glavne vrste kromatina prisutne u stanicama. Razlika je između heterokromatina i euhromatina u pogledu strukture i funkcije. Osim toga, razlikuju se i od svojstava transkripcije i replikacije.
