Ključna razlika između opsonizacije i neutralizacije oslanja se na način na koji provode imunološki odgovor. Pri opsonizaciji se patogeni označavaju prije uništavanja, dok se u neutralizaciji učinak patogena neutralizira.
Imunološki odgovori mogu biti urođeni ili prilagodljivi. Patogeni posjeduju receptore za prepoznavanje patogena, što olakšava prepoznavanje od strane domaćina. U opsonizaciji, domaćin proizvodi opsonine. Međutim, u neutralizaciji, domaćin proizvodi neutralizirajuća antitijela kako bi neutralizirao učinak reakcije antitijelo-antigen.
