Ključna razlika između pozitivne i negativne ionizacije u masenoj spektrometriji je u tome što pozitivna ionizacija stvara pozitivno nabijene ione, dok negativna ionizacija tvori negativno nabijene ione.
Masena spektrometrija ili MS je tehnika u analitičkoj kemiji koja mjeri omjer mase i naboja iona. Krajnji rezultat ove tehnike dolazi kao maseni spektar koji se prikazuje kao grafikon intenziteta. Dalje, ova se crtež crta u funkciji omjera mase i naboja. Za masenu spektrometriju instrument koji koristimo je maseni spektrometar. Kada svoj uzorak uvedemo u ovaj instrument, molekule uzorka se ioniziraju. Ovdje je odabir odgovarajuće tehnike ionizacije vrlo važan jer ona ima velik utjecaj na krajnji rezultat. Ako upotrijebimo reagenski plin, npr. Amonijak, to će uzrokovati ionizaciju molekula uzorka kako bi se stvorili ili samo pozitivni ili samo negativni ioni, ovisno o postavci instrumenta.
