Ključna razlika između mikrofaga i makrofaga je u tome što je mikrofag vrsta malog fagocita koji živi samo nekoliko dana, dok je makrofag vrsta većeg fagocita s dužim životnim vijekom.
Naš se imunološki sustav bori s napadačima patogenih mikroorganizama i čuva nas na sigurnom. Stoga je to složeni sustav koji izvršava mnogo različitih obrambenih mehanizama kako bi otkrio napadače i uništio ih. Fagocitoza je jedan mehanizam u kojem fagociti gutaju napadnute čestice i ubijaju ih. Fagociti su stanice sposobne progutati i apsorbirati bakterije, a druge strane stanice i zarazne čestice uništavaju u njima. U skladu s tim, postoje dvije glavne vrste fagocita, naime mikrofag i makrofag. Mikrofag je mali polimorfonuklearni fagocit koji se nalazi u velikom broju. S druge strane, makrofag je vrsta fagocita koji je smješten na nekoliko važnih mjesta u našem tijelu kako bi djelovao kao prednji obrambeni mehanizam od čestica koje napadaju. Oni su veliki jede u našem imunološkom sustavu.
