Ključna razlika između centromere i kromomere je ta što je centromera suženo područje koje spaja sestrinske kromatide u kromosomu, dok je kromomera linearno raspoređena zrnasta struktura prisutna duž duljine kromosoma.
Kromosom je nitasta struktura sastavljena od nukleinskih kiselina i proteina. Sadrže genetske informacije organizma. U kromosomu postoji nekoliko različitih područja, uključujući kromatide, centromere, kromomere i telomere. Centromera je vidljiva točka stezanja u kromosomu. Spaja sestrinske kromatide i važan je tijekom diobe stanica. Nasuprot tome, kromometri su čvrsto smotani kromatin prisutan duž duljine kromosoma. Pojavljuju se kao zrnca na niti. Oni nose gene tijekom nasljeđivanja.