Ključna razlika između početnog kodona i zaustavnog kodona je u tome što je početni kodon trinukleotidna sekvenca koja označava početak sekvence koja se prevodi u protein, dok je stop kodon trinukleotidna sekvenca koja označava kraj sekvence koja se prevodi u protein.
Genetski kod gena sadrži upute potrebne za stvaranje određenog proteina. Sadrži trinukleotidne sekvence koje su poznate kao kodoni. Svaki kodon navodi aminokiselinu. Aminokiseline su gradivni blokovi proteina. Genetski kod svakog gena započinje početnim kodonom, a završava zaustavnim kodonom. Stoga početni kodon označava mjesto na kojem započinje prevođenje u protein. Stop kodon, s druge strane, označava mjesto na kojem završava prevođenje u protein. Stoga ova dva kodona možemo identificirati kao dva interpunkcijska znaka u genetskom kodu. Obje su specifične trinukleotidne sekvence.
